Honduras en sus manos
Posteriormente fue el primer presidente constitucional de Honduras para el periodo 1841-1843 y reelecto para el periodo 1843-1845. Fue escogido ministro de guerra de 1845 a 1847 y emprendió una guerra contra Nicaragua. Después ocupó otros cargos políticos.
El 21 de febrero de 1843, la Cámara de Representantes se reunió y el 23 reeligió a Ferrera, quien tomó posesión ese día, con los presidentes suplentes Felipe Jaúrequi, Ignacio Vega y el general Coronado Chávez.
Los levantamientos de Texiguat, Tegucigalpa, Liure, El Corpus y Danlí mantuvieron su administración envuelta en perseguir a los insurrectos. También persiguió a los simpatizantes de Morazán. Para 1844, la guerra civil era un hecho. Restableció el ceremonial para todos los actos oficiales. Decretó la vigencia de la Novena Recopilación de las Leyes de Indias como instrumentos jurídicos.