El 24 de septiembre de 1833, con permiso de la Asamblea, quedó la jefatura interina en el Cnel. Francisco Ferrera. Rivera retomó el poder el 10 de enero del año siguiente. El 10 de septiembre de 1844, nuevamente y por motivos de salud dejó la Jefatura en manos del consejero José María Bustillo, retomándola el 1 de octubre de 1835.
La Asamblea Legislativa concedió licencia al Jefe de Estado, Joaquín Rivera, para atender asuntos personales y contraer matrimonio. Ferrera entonces asumió la jefatura del Estado interinamente. Durante su gestión creó los cargos civiles y militares para la administración del recién creado Puerto del Sur —El Tigre—, decretó el establecimiento de una feria en Nacaome, Valle, para estimular el comercio y el movimiento de carga y pasajeros en el Puerto del Sur y oficializó la cátedra de gramática latina en el Colegio Tridentino de Comayagua.