Honduras en sus manos
Su fecha de creación fue el 4 de noviembre de 1994; ha sido históricamente una aldea del municipio de La Campa, sus moradores son descendientes de grupos étnicos Lencas Chorti. Según la tradición popular, los orígenes de San Marcos de Caiquín, se remontan a la época prehispánica con la llegada de los españoles, este poblado formó parte de los cacicazgos Lencas, que se unieron para hacer frente a la invasión española.
Por su actividad económica y cultural decidieron crear un municipio con características Étnicas propias. Sus antecedentes se remontan al informe eclesiástico del Obispo Fernando Cadiñanos en 1971, cuando es registrado como Caiquín, pueblo del curato de Gualcho.
La categoría de municipio se le dio el 04 de noviembre de 1994 bajo decreto legislativo Nº. 156 – 94. Este acontecimiento que contribuye a cambios significativos en la vida de los habitantes del término Municipal, con su primer Alcalde Don Elías Arnaldo Guevara Ardon; inicia su primera administración un 6 de febrero de 1995, en el Gobierno del Dr. Carlos Roberto Reina.
Su Nombre Significa:
Territorio de Aguas y Hombres Fuertes y trabajadores