Nació en Tegucigalpa el 26 de Julio de 1795. Sus padres Martín Rivera Alemán y doña Dolores Bragas de Betancourt. Cultivó sus primeras letras con la instrucción del Presbítero Francisco Antonio Márquez. Casado con Teresa Márquez en la Iglesia de Texiguat, hija de José Antonio Márquez, en Octubre de 1833. Cuando el pueblo de Texiguat se adhirió a la declaración de Independencia en Octubre de 1824, Joaquín Rivera se encontraba junto al Padre Francisco Antonio Márquez en ese lugar. Nombrado como Jefe Político-Intendente del Departamento de Choluteca por Acuerdo del 22 de Agosto de 1824, tomo posesión del cargo el 13 de Diciembre de ese año.. El 4 de Marzo de 1829 fue nombrado Ministro Propietario en la Corte Superior de Justicia en la primera Administración del General Morazán. Diputado Constituyente en 1831 por Olancho. 1832 fue Jefe Intendente de Tegucigalpa y diputado-Presidente a la Asamblea Legislativa de 1832 por el Departamento de Yoro. Electo Jefe de Estado el 31 de Diciembre de 1832, el diputado Joaquín Aguiluz de Comayagua, es electo diputado-propietario. Al finalizar su mandato como Jefe de Estado, se radicó en Santa Rosa, en el Partido de San Miguel dedicado a actividades comerciales y mineras. Durante el periodo del 1836 a 1840, los conflictos judiciales entablados por el protegido de Francisco Ferrera, Licenciado Felipe Jaúregui sobre la propiedad de las haciendas de Sigualteca y Lologuare ocupan su tiempo. En 1840 acompaña al General Morazán al exilio en Panamá. Desembarcan en 1842 en Costa Rica a bordo del Bergantín » El Cruzado «, y derrocan el régimen de Carrillo. Toma la decisión de
reconstruir el proyecto de la República Federal de Centroamérica. Reaparece anclado en Acajutla, El Salvador , a bordo de » El Coquimbo» en diciembre de 1842
En su gobierno se impulso la educación primaria, enviando un grupo de 11 estudiantes a la Escuela Normal Lancasteriana de Guatemala. Se pagó la deuda pública y se canceló los pagos civiles y militares por causa de la guerra civil. Se decretó el reglamento de la Ley de imprenta del Estado, la primera Ley agraria y modificó el sistema electoral, ordenando que las elecciones fueran directas, tanto para autoridades locales como nacionales. Se reasumió la Administración de las Rentas de los puertos de Omoa y Trujillo. Se dictaron medidas sanitarias ante la presencia del cólera. Conocido como el «año del Polvo», el suceso de la erupción del Volcán de Cosigüina, Nicaragua, del 20 de Enero de 1835, provocaron alarma sobre todo en toda la Zona Sur y Centro. Se ayudó a los agricultores y ganaderos a solventar los problemas ocasionados por la destrucción de cultivos, animales y fuentes de agua. Acordó la designación de la isla del Tigre como Lugar para el establecimiento de un Puerto en el Golfo de Fonseca. Declaró que los hijos naturales de clérigos fuesen herederos forzosos. Dió libertad religiosa. Se emitió la Ley Orgánica de la Corte Superior de Justicia y demás encargadas del Poder Judicial. Estableció un cuño formal para la emisión de monedas. Ordenó la reimpresión del Código Penal de Livingston para que los Jefes Intendentes se formarán con criterios jurídicos. Elevó a la categoría de Ciudad a Juticalpa, mediante decretó del 16 de Junio de 1835.