Juan Nepomuceno Fernández Lindo y Zelaya (Tegucigalpa, Intendencia de Comayagua; 16 de mayo de 1790-Gracias, Honduras; 23 de abril de 1857) fue un abogado y políticohondureño; último alcalde mayor de la Provincia de Comayagua en 1821, jefe supremo de Estado de El Salvador en el periodo 1841 a 1842, presidente provisional de ese país y luego electo presidente constitucional del Estado de Honduras en el periodo de 1848 a 1852.
Juan Lindo nació el 16 de mayo de 1790 en el seno de una familia de terratenientes. Sus padres fueron el escribano y diputado de la Asamblea Federal Constituyente de 1824, Joaquín Fernández Lindo Molina y Bárbara Zelaya Fiallos, —hermana del jefe de Estado de Honduras José Jerónimo Zelaya Fiallos—.En 1814, obtuvo el grado de Licenciado en Derecho de la Universidad de San Carlos de Guatemala.
Lindo estuvo casado con la dama Josefa Pineda Castejón, hija de José Pineda y Bravo, oriundo de Sevilla y gobernador que fue del Círculo de Sensenti, y de la señora Jerónima Castejón, hija del hacendado Juan José Castejón, en tal sentido hermana natural del Capitán general José María Medina.
Tras la independencia de Centroamérica (1821), el Gobernador José Gregorio Tinoco de Contreras y Juan Lindo conocían lo establecido en el acuerdo del Plan de Iguala, también llamado Plan de las tres garantías del 24 de febrero de 1821, sobre la independencia absoluta de México y firmado por Agustín de Iturbide y los representantes centroamericanos. Tinoco de Contreras repartió el poder de la Provincia de Comayagua, nombrando jefe político al licenciado Juan Lindo e Intendente al canónigo José Nicolás Irías Midence.Juan Lindo fue uno de los impulsores de la anexión de las Provincias Centroamericanas al Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide.
Lindo fue electo diputado a la Asamblea Legislativa de Honduras en 1826. Al año siguiente (1827) apoyó al conservador teniente generalJosé Justo Milla, quien derrocó al jefe del Estado de Honduras, Dionisio de Herrera. Fue diputado a la Asamblea Constituyente convocada en junio de 1838, donde representó los intereses del conservadurismo centroamericano. Desde su cargo en la Asamblea Constituyente, promovió la separación de Honduras de la República Federal de Centro América en el mes de octubre de 1838.
Presidente de El Salvador
En 1840, viajó a El Salvador, donde con el apoyo del general Francisco Malespín fue designado secretario de Estado de octubre de 1840 a enero de 1841 y posteriormente elegido jefe provisional del Estado de El Salvador del 7 de enero al 20 de junio de 1841 y presidente del Estado del 28 de junio de 1841 al 1 de febrero de 1842. Durante su gobierno, una Asamblea Constituyente proclamó el 2 de febrero de 1841 la separación de El Salvador de la Federación Centroamericana; y los días 16 y 18 del mismo mes y año, respectivamente, aprobó el Decreto Legislativo de Fundación de la Universidad de El Salvador y emitió una nueva Constitución que derogó a la que había sido expedida el 12 de junio de 1824
Presidente de Honduras
En 1842, regresó a Honduras y se estableció en la ciudad de Comayagua.
El 12 de febrero de 1847 fue elegido presidente constitucional del Estado de Honduras, cargo que ejerció hasta el 4 de febrero de 1848. En este mandato se creó la Universidad Nacional de Honduras (hoy UNAH) y se promulgó la nueva Constitución Política de 1848, que estableció un período presidencial de 4 años. De acuerdo a ésta, Lindo fue elegido para un nuevo período, que concluiría el 1 de febrero de 1852.