Honduras en sus manos
José Dionisio de Herrera fue el autor de la primera Constitución de Honduras (1825). Elegido primer Jefe Supremo del Estado de Honduras en 1824 y destituido en 1827 por los conservadores de Guatemala tras una insurrecciónclerical dirigida por el canónico Irías. Su gobierno siguió una línea progresista, a través de la cual organizó el estado hondureño. Además, trató de fomentar la agricultura, la industria, y la inmigración entre otras cosas. Por estas razones, en Honduras se le considera, el Padre de la Patria, y es uno de los 6 ‘Próceres’ hondureños.
Enviado como pacificador a Nicaragua por el Gobierno Federal, fue elegido Jefe Supremo del Estado, cargo que ejerció de 1830 a 1833.
En 1834 fue elegido Jefe Supremo del Estado del Salvador, pero no aceptó su nombramiento. Se retiró de la política en 1838. Poseía notables dotes intelectuales, se distinguió por la firmeza de su carácter y se le reconoció además, como hombre de circunspección y tino. Llegó a ser el único político en la historia de Centroamérica electo popularmente Jefe de tres Estados
El Gobierno de Dionisio de Herrera debería haber concluido el 16 de septiembre de 1827 según la constitución de Honduras de 1825. El presidente de la República Federal de Centro América, Manuel José Arce entró en conflicto con Dionisio de Herrera.
Arce había disuelto en octubre de 1826 el Congreso y el Senado intentando establecer un sistema centralista o unitario aliándose con los conservadores, por lo que se quedó sin el apoyo de su partido, el liberal.
Como resultado, se produjo un conflicto entre el Gobierno Federal y los Estados, pronunciándose en contra Dionisio Herrera y Mariano Prado, Jefe del Estado del Salvador.
Como consecuencia, Arce mandó a Honduras tropas comandadas por el teniente general José Justo Milla Pineda, ex Vicejefe de Herrera, para apoyar el movimiento de Irías. El 4 de abril de 1827 comenzaba el asedio de Comayagua. El 10 de mayo, después de 36 días de sitio, la plaza fue rendida gracias a la traición del jefe militar Fernández.
Dionisio de Herrera fue hecho prisionero y enviado a Guatemala, donde permaneció en prisión a lo largo de dos años, hasta que el General Francisco Morazán lo liberó en 1829 luego de la Batalla de Las Charcas y la invasión a Guatemala.