Honduras en sus manos
El 8 de abril de 1840, el general Francisco Morazán tomó el camino del exilio. Partió desde el puerto de La Libertad (El Salvador), a bordo de la goleta Izalco acompañado por 30 de sus más cercanos amiga y veterana de guerra. Al arribar a Puerto Caldera (Costa Rica) solicitó asilo para 23 de sus oficiales, el cual le fue concedido. Siete de ellos continuaron con el viaje a América del Sur en su compañía. Morazán arribó a Chiriquí, y luego pasó a David, Panamá, donde su familia le esperaba. Mientras se encontraba en esta localidad, Morazán fue informado por sus amigos acerca de las terribles persecuciones sufridas por sus partidarios a manos de Rafael Carrera y otros líderes liberales de América Central.
Indignado por estos hechos y por la cadena de insultos y calumnias contra él por algunos miembros de la prensa, Morazán escribió y publicó su famoso Manifiesto de David con fecha 16 de julio de 1841. En este manifiesto Morazán ataca a los serviles a quienes acusa de ser «hombres mezquinos» y abusadores de los derechos más sagrados del pueblo. Asimismo les recuerda que se opusieron a la independencia de Centroamérica, y sacrificaron la libertad al unirse al imperio de Iturbide. Por lo tanto les hace saber que Centroamérica no es su patria, sino la patria de aquellos que hicieron «resonar el grito de la independencia en todo el Reino de Guatemala… y se sintieron electrizados con el sagrado fuego de la libertad».
Morazán todavía se encontraba en David cuando recibió llamadas de sus colegas liberales en Costa Rica. Braulio Carrillo, gobernador de ese estado, había restringido las libertades individuales, limitado la libertad de prensa, y había derogado la Constitución Política de 1825 que fue sustituida por una nueva carta constitucional, denominada «Ley de Bases y Garantías», la cual declaraba, en sus artículos 1 y 2, que el jefe de Estado de Costa Rica era «elegido por el pueblo» (artículo 1) y que este era «inamovible» (artículo 2), lo que sus enemigos convirtieron en «vitalicio», llamándole entonces «dictador» una y otra vez. Por otra parte, Carrillo también había declarado a Costa Rica un Estado libre e independiente. A pesar de estos hechos, Morazán quiso mantenerse alejado de los asuntos políticos de Centroamérica, y continuó su viaje rumbo a Perú. Una vez en Lima, recibió la invitación del Mariscal Agustín Gamarra para comandar una división peruana, en momentos en que su país estaba en guerra con Chile. Sin embargo Morazán se negó, porque se encontró con que esta guerra era muy confusa. Desde hacía más de doce años las disensiones entre las Repúblicas de El Perú y Bolivia ―en las cuales se vieron involucrados los Estados de Chile y Colombia― dieron lugar a una serie de guerras con éxitos y fracasos recíprocos, que provocaron funestas etapas de caos entre todas las partes que fueron beligerantes.
En el Perú, Morazán tuvo la fortuna de encontrar buenos amigos con los que compartía los mismos ideales. Entre estos estaban los generales José Rufino Echenique y Pedro Pablo Bermúdez. Alrededor de 1841, los británicos comenzaron a intervenir en el territorio de la Mosquitia, ubicado entre Honduras y Nicaragua. Este acontecimiento impulsó a Morazán para poner fin a su auto impuesto exilio en el Perú, y decidió que era hora de regresar a Centroamérica porque lo consideraba un «deber» y un «sentimiento nacional irresistible» no solo para él, sino que para todos «aquellos que tienen un corazón para su patria». Con el respaldo financiero del general Pedro Bermúdez, partió desde El Callao a finales de diciembre de 1841 a bordo del buque El Cruzador. En ese viaje fue acompañado por el general José Trinidad Cabañas, José Miguel Saravia, y otros cinco oficiales. Él y sus compañeros hicieron una parada en Guayaquil, Ecuador y Chiriquí, Panamá, donde tuvo la oportunidad de reunirse con su familia una vez más, antes de regresar a la América Central.