Honduras en sus manos
Consejero encargado del Poder Ejecutivo
Sucedió que el presidente en funciones Juan Francisco de Molina abandono la administración del estado, debido a la derrota de los ejércitos de Nicaragua y Honduras contra El Salvador el 15 de abril de 1839, los ejércitos salvadoreños al mando del general unionista Francisco Morazán no tenía vacilaciones; Molina dejó el poder a su consejero Felipe Neri Medina Valderas Córdova, quien dos días después lo entregaría a Juan José Alvarado un 15 de abril,Siendo la presidencia más fugaz en la historia de Honduras, Juan José Alvarado entregaría la administración al ministro José María Guerrero, en fecha 27 de abril de 1839.
El problema presidencial concluyó una vez nombrándose al general José Francisco Zelaya y Ayes como Presidente Alvarado, continuó residiendo en Gracias a Dios, donde falleció en 1857 a la edad de 59 años.