Este municipio fue creado a finales del siglo X1X, formado por una aldea habitada por emigrantes de las hermanas repúblicas de Guatemala y El Salvador, quienes vinieron a estos lugares atraídos por la fertilidad de sus tierras, el primer nombre que le dieron a este municipio fue El Playón, dependía entonces de la municipalidad de San Jorge.
En 1859 se construyó la primera iglesia Católica, y en 1889 por disposición de la municipalidad de San Jorge se nombró oficialmente a la aldea El Playón como la cabecera municipal de este municipio.
Las primeras viviendas eran construidas de bahareque y adobe, la madera con que estaban construidas estas viviendas era de Níspero, Tashiste y Roble, también utilizaban la piedra y la teja, los techos de estas viviendas en su mayoría eran de teja la cual era fabricada por los mismos pobladores.
Las primeras personas que habitaban en ese entonces eran Crucita Portillo, Ambrosio Peña, Claudio Dubon, Santos Aguilar, Dorotea Galdámez y Santos Lemus. La primera parroquia fue fundada en el año de 1859 siendo el párroco Juan López, anteriormente las ceremonias religiosas se celebraban en una casa que se ubicaba donde actualmente se encuentra el cementerio, en dicha iglesia las Misas se impartían en latín, por lo tanto los feligreses no lo entendían.
El 17 de Febrero de 1887 se constituyó como municipio, siendo Presidente de la República el Dr. Luis Bogran, siendo el primer Alcalde el Sr. Marcelo Aguilar, originario del municipio de San Jorge, el 14 de febrero de 1889 inicio un registro civil el cual funcionaba en la Alcaldía.
El 18 de Diciembre de 1916 fue instalada la oficina del telégrafo, en 1950 don Serafín Fernández instala una planta hidroeléctrica en el rio Jocomico, la cual brindaba este servicio a todo el pueblo. En 1953 se apertura la oficina de Correos y en 1977 se abre la brecha que conduce hasta Lucerna, esto fue posible por el esfuerzo e iniciativa de las fuerzas vivas; el señor Víctor Tulio Recinos fue el primero en traer un automóvil a la Encarnación.
En 1976 se creó el kínder Luis Landa; El 10 de enero de 1982 fue una comisión a Tegucigalpa integrada por Señores José María Villeda, Jacobo Portillo, Gregorio Portillo y las Señoras Sobeida Portillo y Elvia Portillo a solicitar la apertura del colegio nocturno llamado Rafael Antonio Ardón.
A pesar del rechazo porque adujeron que la solicitud debía de llevarse con seis meses de anticipación, favoreció el hecho que el ministro Amílcar Rivera Calderón había sido compañero de estudios de don Gregorio Portillo, esto ayudo pero aun así el director de ciclo común no realizaba la apertura del colegio porque decía que tenía que llegarle la orden, por lo cual la Señora Sobeida Portillo insistió hasta que llego la orden de apertura.
Los maestros que daban clases eran voluntarios, siendo director el profesor José María Portillo, los demás maestros que impartían clases eran, Francisca Ramírez, Carlos Portillo, Ana Lícida Villeda, Maribel Mata, Silvia Petrona Portillo, el Padre Ramón Richard y Gregorio Portillo.