Dionisio de Herrera envió tropas para repeler la invasión, las cuales Milla venció y avanzó hacia la capital hondureña e instaló su cuartel general en las inmediaciones de Comayagua, sitiando la ciudad.El 10 de mayo derrocó al gobierno, haciendo prisionero al jefe de Estado, Dionisio Herrera, y enviándolo a prisión en Guatemala, donde permaneció hasta 1829.
A continuación convocó en Comayagua elecciones tanto para jefe y vicejefe del Estado como de miembros del Congreso, en las que fueron elegidos el diputado y miembro del partido conservadorJuan Nepomuceno Fernández Lindo como presidente del Congreso, José Jerónimo Zelaya Fiallos como jefe de Estado y Miguel Eusebio Bustamante como vicejefe.