Honduras en sus manos
Mientras tanto en Honduras, Francisco Morazán aceptó el desafío propuesto por los salvadoreños. Le entregó el mando a Diego Vigil como nuevo jefe de Estado de Honduras y se fue a Texiguat, donde se preparó y organizó sus tropas con miras a la campaña militar salvadoreña. En junio de 1828, Morazán se dirigió a El Salvador con una fuerza de 1.400 hombres. Este grupo de militantes se componía de pequeños grupos de hondureños, nicaragüenses y salvadoreños que aportaron sus propias herramientas de guerra. Tenían además el apoyo de los indios que servían como infantería. Algunos voluntarios seguían sus convicciones liberales, otros trabajaban para un líder político, otros simplemente esperaban obtener algo en retorno por sus esfuerzos después de terminada la guerra.
Mientras que el ejército salvadoreño se enfrentaba a las fuerzas federales en San Salvador, Morazán se colocó en la parte oriental del estado.