Tenía 49 años, cuando fue elegido Presidente constitucional de Honduras en las elecciones presidenciales de septiembre de 1957 y se encontraba en el auge de su popularidad y de sus fuerzas creadoras como intelectual y como político. El 21 de diciembre de 1957, ente los representantes de cuarenta naciones y de una multitud incalculable, Ramón Villeda Morales empieza su mandato presidencial, por voluntad del pueblo.
El 12 de julio de 1959, el gobierno del doctor Ramón Villeda Morales sufre un intento de “Golpe de Estado” perpetrado por el Coronel de Infantería Armando Velásquez Cerrato; bajo supuesto de Oswaldo López Arellano, su misión defenestrar al presidente Villeda Morales, dentro de las fuerzas armadas de Honduras. Es así que el presidente constitucional continuo con su administración, la que debía de durar hasta el 21 de diciembre de 1963.
Villeda Morales falleció el 8 de octubre de 1971, a la edad de 63 años, cuando se desempeñaba como presidente de la Misión Permanente de Honduras ante la Organización de las Naciones Unidas en Nueva York.
José Ramón Adolfo Villeda Morales, fue presidente constitucional de Honduras. Fueron sus padres, don José María Villeda Chávez y doña Dolores Morales Corleto.
Murió el 8 de octubre de 1971 a la edad de 63 años cuando se desempeñaba como presidente.
Presidencia del Colegia Médico Hondureño
En 1940 instala su consultorio médico en Tegucigalpa y en poco tiempo es uno de los profesionales más conocidos y populares en todas las clases sociales. Luego es elegido presidente del Colegio Médico Hondureño.
Sus restos mortales fueron llevados a Guatemala en un avión de la Fuerza Aérea Estadounidense y de Guatemala a Honduras por la Fuerza Aérea Hondureña.