Honduras en sus manos
Jefe de Estado de El Salvador
Retrato de Francisco Morazán en el Salón de Expresidentes de la Asamblea Legislativa de Costa Rica, pintado por Aquiles Bigot.
Después de concluido su segundo mandato como presidente de la República Federal, Morazán se quedó sin poder político o militar. El 13 de julio de 1839, sin embargo, el general fue elegido jefe de Estado de El Salvador.52Cuando Rafael Carrera y los conservadores de Guatemala se dieron cuenta del nuevo papel que desempeñaba, decidieron declararle la guerra a El Salvador. El general se había convertido en la personificación misma de la Federación, él era el cuerpo y alma de la Constitución de 1824, y eliminarlo significaba terminar con cualquier idea o esperanza que había quedado de la Federación.
Por esa razón, sus enemigos no deseaban que estuviera al mando de esa nación, ni de ningún otro Estado centroamericano y se comprometieron a derrotarlo. El 24 de julio de 1839, Nicaragua y Guatemala celebraron un tratado de alianza en contra del gobierno de Morazán en El Salvador.53Posteriormente, el 24 de agosto del mismo año, el líder guatemalteco Rafael Carrera y Turcios llamaría a los salvadoreños a la insurrección popular en contra de su presidente. Estos llamados provocaron algunos levantamientos, los cuales fueron aplastados sin mucho esfuerzo por el gobierno.
Al no tener éxito de forma interna, los enemigos del general formaron un ejército compuesto por tropas hondureñas y nicaragüenses. El 18 de septiembre de 1839, Morazán se encontraba en El Salvador para impedir el avance de las huestes de Francisco Ferrera, pero en San Salvador ocurrió un amotinamiento y la plaza era controlada por Pedro León Velásquez; los alzados mandaron un mensaje al general en el que amenazaban con ultimar a su esposa, su hijo Francisco y a la recién nacida Adela si no capitulaba, pero Morazán respondió con estas memorables palabras: Los rehenes que mis enemigos tienen son para mí sagrados y hablan muy alto a mi corazón, pero soy Jefe del Estado y debo atacar pasando sobre los cadáveres de mis hijos; más no sobreviviré a tan terrible desgracia.