Se convoca a la Asamblea Legislativa nacional para emitir la Constitución de Honduras de 1865, derogando la Constitución de Honduras de 1848. Suprimiendo el sistema legislativo bicameral interpuesto por el licenciado Juan Lindo. Se estipuló la base electoral de 10,000 electores en vez de 20,000 dispuesto en la carta magna anterior. El artículo 1, declara a Honduras como una república, dejando de ser un estado, tal como lo había decretado en su oportunidad el antecesor presidente señor Victoriano Castellanos Cortés, en 1862; en consecuencia, se define el título de Presidente constitucional de la república de Honduras. Aparece la figura del Habeas Corpus.
La Constitución Política de Honduras no establecía la reelección del mandatario, es por ello que el general Medina, concluye su administración y se empeña en ser reelegido; en tal sentido es designado como presidente provisional al doctor Francisco Cruz Castro quien fungía de Ministro de relaciones exteriores y tomó posesión el 12 de agosto de 1869; Cruz era afín a Medina y en sus gestiones estuvo la de emitir el decreto de fecha 13 de agosto de 1869, que reformaba el artículo 33 de la Constitución para que Medina regresase al poder