Nació en Juticalpa en el departamento de Olancho, siendo hijo del matrimonio compuesto por el empresario señor Santiago Zelaya López y Dominga Ayes Beltrand; hermano menor del primer presidente constitucional general José Francisco Zelaya y Ayes.
Fue Licenciado, empresario y político hondureño. Presidente de la Asamblea Nacional Legislativa en 1874 y Presidente provisional de la república en 1876, en ausencia del General Ponciano Leiva.
Estando en la presidencia de Honduras el general Ponciano Leiva, éste recibe un mensaje que el capitán general José María Medina, está recibiendo apoyo del presidente de Guatemala, general Justo Rufino Barrios; por lo que algunas tropas enemigas al gobierno hondureño se habían introducido al occidente, acantonándose en la ciudad de Gracias. Leiva decide nombrar a su designado presidencial el licenciado José María zelaya como presidente provisional mientras decide ir en busca de medina para combatirlo, ya que según informes Medina ya había alcanzado las cercanías de la ciudad de Comayagua, allí se enfrentarón, Medina se retiró y leiva Madrid se reorganizó en Yoro donde el 13 de enero de 1876, Zelaya Ayes le traspasa la administración.