Nacio en Tegucigalpa el 16 de Marzo de 1790. Sus Padres el escribano y Diputado de la Asamblea Federal Constituyente de 1824, don Joaquín Fernández Lindo Molina y doña Bárbara Zelaya Fiallos. Graduado de Bachiller en Filosofía en Guatemala. A los 24 años, 1814, obtiene el Grado de Licenciado en Derecho y Abogado de la Excelentisima Audiencia Imperial de México. Regresa a Honduras y se radica en Comayagua. Nombrado el 21 de Noviembre de 1821, Intendente de la Provincia de Comayagua por el Gobernador Gregorio Tinoco de Contreras. Contrae nupcias con la distinguida señorita, oriunda de Gracias, Josefa Pineda Castejón. Electo Diputado por Comayagua al Congreso de México, convocado por el Emperador Iturbide, el 3 de Febrero de 1822. Concurre en compañia de su padre. El 22 de Abril de 1822, en México pronuncia su discurso » Meditaciones de un Pueblo Libre » . Destituido del cargo el 11 de Febrero de 1824, y se asila en El Salvador. Regresa a Honduras, y es nombrado Fiscal en la Corte Superior de Justicia en la Administración de Dionisio de Herrera, el 23 de Julio de 1825. Electo Diputado en 1826. Nombrado Presidente de la Asamblea Legislativa en Mayo de 1827, por el General José Justo Milla Pineda. Destituido del Cargo en Abril de 1829. Diputado Secretario en la Asamblea Legislativa de 1830. Firmante del proyecto de Constitución de 1831, en calidad de Diputado por Gracias. Diputado Presidente de la Asamblea Constituyente convocada por el Jefe de Estado don Justo José Herrera, el 1de Junio de 1838 para reformar la Constitución del 11 de Diciembre de 1825. Firma el Decreto de separación de Honduras de la República Federal Centroamerciana, en Octubre de 1838. Decretada y sancionada la Constitución del 11 de Enero de 1839, vuelve a Gracias con el cargo de Gobernador Político y Militar. Ejerce el cargo durante 1839 y 1840. El 20 de Noviembre de 1839, firma el Pacto de Olocingo, donde declara la neutralidad de Gracias en el conflicto de Honduras y El Salvador. Renuncia al cargo de Gobernador, y bajo la protección del General Francisco Malespin es designado Ministro de Relaciones Exteriores de El Salvador de Octubre de 1840-Enero de 1841. Jefe Provisional de El Salvador del 7 de Enero a Febrero,18 de 1841. Presidente del Estado de El Salvador,18 de Febrero de 1841 a Febrero de 1842. Contribuye a la fundación de la Universidad Nacional de El Salvador. Representante Diplomático de Honduras para negociar la paz entre Honduras y el Salvador. El Tratado de Sensentí del 27 de Noviembre de 1845, pone fin a las hostilidades. En Julio de 1846, nombrado representante de Honduras en la Conferencia Centroamericana en Sonsonate, El Salvador. No aceptó el cargo. Radicado en Comayagua, es electo Presidente Constitucional para el periodo comprendido del 12 de Febrero de 1847 al 4 de Febrero de 1848. Siendo electo como Vice-Presidente Felipe Bustillo. Diputado a la Asamblea Constituyente de 1852. Representante de Honduras en la Conferencia de Esquipulas para negociar la Paz entre Honduras y Guatemala, el 19 de Abril de 1853. Para 1856 fue candidato a la Presidencia en competencia a Juan López y Santos Guardiola, pero se retiro.
Falleció en Gracias, Departamento de Lempira, el 23 de Abril de 1857. En 1870, el Presidente José Maria Medina mando a realizar un retrato de cuerpo entero de Juan Lindo para obsequiarlos a la Universidad de Honduras y El salvador.
PRIMERA ADMINISTRACION :
Crea el impuesto por introducción de Mercaderias. Constituye un fondo de peaje para mejoras de caminos. En 1847 fija un impuesto de 2 (dos) reales por caballeria de tierra, pagado anualmente y con ello fomentar la instrucción pública. Estimula la educación de jóvenes de comunidades aborigenes. Ordena la devolución de los diezmos tomados de las iglesias y coloca las escuelas publicas bajo el cuidado del clero. Apueba los Estatutos de la Academia Literaria de Honduras, y le confiere categoria de Universidad del Estado, el 11 de Agosto de 1847. En un acto solemne del 19 de Septiembre de 1847, se instala el Claustro Pleno de la Universidad de Honduras. Mandó redactar los Códigos Civil y Penal, pero no los publicó. Inauguro una Escuela Normal en Comayagua .Amplia el sistema de Correos para entregas mensuales hacia Guatemala, León, San Miguel. Protestó ante el Gobierno de los Estados Unidos de América por la anexión de Territorios de México. Nombró delegación a la Dieta de Nacaome en un esfuerzo por reconstruir el gobierno confederado. Convoca a una Asamblea Constituyente el 11 de Diciembre de 1847 para reformar la Constitución de 1839. La Constitución fue decretada y sancionada el 4 de Febrero de 1848, en Comayagua siendo Diputado Presidente José Francisco Zelaya y Ayes.
SEGUNDA ADMINISTRACION : 4 de Febrero de 1848 al 1 de Febrero de 1852.
Ampliado el periodo presidencial a cuatro años, y Poder Legislativo con un sistema de dos Cámaras, una de diputados y otra de Senadores, asi mismo el nombramiento de la Corte Suprema de Justicia, el Presidente Juan Lindo inicia su segunda administración.
Amortizó la cantidad de 206,471 pesos de la deuda pública en el periodo 1848-1851.
Declaró Puerto Libre a Amapala, el 19 de Abril de 1848. Decreta la » Gaceta Oficial del Gobierno de Honduras» como órgano oficial de la administración en la publicación de decretos, acuerdos y reglamentos de los Poderes del Estado. Por razones de salud se ausentó de la Presidencia por el periodo del 21 de Septiembre al 8 de Diciembre de 1848, depositando el cargo en el Vice-Presidente Felipe Bustillo.. El General Santos Guardiola encabezó una sublevación contra la Asamblea Legislativa el 21 de Noviembre de 1848.Asumió la dirección militar contra el levantamiento de Guardiola. El Pacto de Pespire del 25 Marzo de 1850, concedió respuestas a los alzados y reestableció a Juan Lindo la Presidencia . Las Consecuencias del Pacto de Pespire impactarón en el General Francisco Ferrera y en Coronado Chávez, quienes salierón emigrados a El Salvador. Frente a las pretensiones britanicas de posesionarse de las Islas de la Bahia, y las influencias del Consul Frederick Chatfield, colocó bajo protección de los Estados Unidos de América,la Isla de El Tigre que era ocupada por fuerzas inglesas La protección tuvo vigencia durante 18 meses. Ingleses tambien ocuparón el Puerto de Trujillo. Firmó el Pacto de León con la finalidad de constituir una fuerza centroamericana contra la presencia de los Ingleses, el 8 de Noviembre de 1849.Nombra a Tegucigalpa , Capital del Estado mediante decreto del 22 de Junio de 1849. Por Decreto del 6 de Enero de 1851 se unió a la Causa Federalista impulsada por el Presidente de El Salvador, Doroteo Vasconcelos en un esfuerzo por detener la política agresiva de Rafael Carrera. La victoria del 2 de Febrero de 1851 en San José de la Arada del General Carrera sobre las fuerzas unionistas, causo alarma en El Salvador. El Presidente Juan Lindo envió tropas al mando del General Cabañas en apoyo al gobernante salvadoreño.El 20 de Agosto de 1851 envio Tropas a Nicaragua a reestablecer el gobierno del Presidente Laureano Pineda.
A pesar de los sacrificios económicos en la organización y movilización de columnas militares a Guatemala, El Salvador y Nicaragua, para 1852 el Presidente Juan Lindo,fija el presupuesto para el año fiscal en 126,247.00 pesos. El 1 de Febrero de 1852 hace entrega de la Presidencia. Por no haber escrutado los votos la Asamblea Legislativa, nombra al Senador Francisco Gómez Presidente interino para el periodo 1 de Febrero al 1 de Marzo de 1852.
Honduras en sus manos